Родился в 1918 году в станице Динской Краснодарского края. После обучения на курсах трактористов с 1936 по 1939 год работал трактористом машинно-тракторной станции Динского района.
23 ноября 1939 года В. И. Кильпута был призван в ряды РККА. Проходил службу в Витебске в 56-м артиллерийском полку в должности командира тяги. С 22 июня 1941 года принимал участие в боевых действиях в составе 56-го артиллерийского полка резерва Главнокомандования на Северо-Западном фронте, в районе города Гродно. 28 августа 1941 года попал в плен. Содержался в концлагере № 11 в районе города Молодечно Белорусской ССР. В декабре 1943 года при перевозке в Германию ему удалось совершить побег. С января 1944 года Василий снова в рядах действующей армии, воюет в составе 47-й стрелковой дивизии 137-го гвардейского полка в должности командира отделения разведки.
Старшина В. И. Кильпута получил орден Славы III степени по приказу командования 47-й гвардейской стрелковой дивизии 28 августа 1944 года за успешное выполнение боевой задачи полка в составе боевого охранения.
Через полгода ожесточенных боев Василий Кильпута во главе штурмовой группы форсировал Вислу, чем обеспечил успех продвижения дивизии. Приказом от 27 февраля 1945 года старшина В. И. Кильпута награжден орденом Славы II степени.
И еще через два с половиной месяца героя ждала третья награда, которую он получил в конце войны. За форсирование реки Шпреи (Шпре) приказом командования 8-й гвардейской армии от 15 мая 1945 года Василий Ильич Кильпута награжден орденом Славы I степени.
За годы боев отважный кубанец отмечен медалями «За отвагу», «За освобождение Варшавы», «За взятие Берлина», орденом Отечественной войны I степени.
В октябре 1945 года В. И. Кильпута был демобилизован и вернулся в станицу Динскую. Работал в МТС, колхозе «Октябрь», на комбинате коммунальных предприятий. С 1978 года стал персональным пенсионером. В семье Василия Ильича и его супруги Ольги Дмитриевны выросла дочь.
В 1993 году В. И. Кильпуты не стало. Похоронен в станице Динской.
